Зал Сивилл (Sala de Sibille) находится в Башне Борджиа, украшен фигурами Сивилл и пророков, а также астрологическими символами семи планет.
Зал Таинств Веры (Sala dei Misteri della Fede): представлены 7 таинств из жизни Христа и Марии: украшен фресками Благовещение, Рождество, Поклонение волхвов, Воскресение, Вознесение, Сошествие Святого Духа, Вознесение Марии.
Зал Святых (Sala dei Santi) почти целиком расписан самим Пинтуриккьо. Сюжеты росписей — сцены из жизни святых: Посещение Марии Елизаветой, Встреча святых Антония Аббата и Павла Отшельника в пустыне, Мученичество св. Себастьяна, Диспут св. Екатерины Александрийской с философами перед императором Максимилианом, св. Сусанна, Мученичество св. Варвары. Потолок зала украшен сюжетом из мифа о Изиде, Осирисе и быке Аписе — редкая тема в иконографии Ренессанса.
Зал Понтификов (Sala dei Pontefici), названному так, поскольку его стены украшены портретами пап . Зал является самым большим и роскошным помещением апартаментов и используется для торжественных церемоний.
Зал Наук и Свободных Искусств (Sala delle Arti Liberali): Риторика, Грамматика, Диалектика, Геометрия, Арифметика, Музыка и Астрономия изображены в виде дам, в их окружении деятели искусства XV века: писатель Paolo Cortesiизображен как Цицерон на фреске Риторика; возможно Браманте, преклонившийся перед Евклидом, на фреске Геометрия. Этот зал вероятно являлся рабочим кабинетом папы.
Зал Чудес Веры (Sala del Credo) : также расположен в Башне Борджиа. Здесь находятся изображения Давида, Соломона, Иеремии, Исайи, Малахия, Софония, Михея, Иоиля, а также праздники Епифания, Рождество, Благовещение, Успение, Вознесение, Троицын день.
К апартаментам Борджиа также относятся спальня понтифика и сокровищница.
Между сокровищницей и Залом Чудес Веры расположена входная лестница.
Насколько велики были тщеславие и амбиции семьи Борджиа можно судить по фрескам, которыми модный в то время художник Пинтуриккьо расписал стены и потолки залов.
Вот, например, фреска из Зала Таинств Веры "Воскресение Христово", на которой изображен сам Папа Римский Александр VI:
В Зале Святых натурщицей для написания лика святой Екатерины Александрийской, беседующей с языческими мудрецами, выступила Лукреция Борджиа:
Ну и, наконец, в роли Богоматери, которой поклоняется священник, имеющий поразительное портретное сходство с неким понтификом, мы можем любоваться прекрасной мадонной Джулией Фарнезе. Фреска украшает потолок Зала Чудес Веры:
Не удивительно, что после заката династии Борджиа, ни один последующий Папа Римский не согласился жить в этих Апартаментах.